Es ist interessant, die Struktur von Sidennafil mit der von cGMP (zyklisches Guanosinmonophosphat) zu vergleichen, welches das Molekül ist, das normalerweise mit PDE5 interagiert. Das Medikament, das von den Forschern entwickelt wurde, musste eine gewisse Ähnlichkeit aufweisen, damit es an die aktive Stelle des Enzyms PDE5 binden konnte. Die 2-dimensionale Struktur von cGMP ist oberhalb des 3-dimensionalen Bildes angegeben, jedoch kann letzteres verwendet werden, um das Molekül auch in 2D zu sehen, mit einer beliebigen Orientierung des Moleküls. Die erste Figur zeigt auch, dass cGMP und Pyrazolo [4,3-d] pyrimidin-7-on, welches eines der Elternmoleküle von Sildenafil ist, eine ähnliche Größe, Form und Dipolmoment haben. Dies waren Merkmale, nach denen in einem Molekül gesucht wurde, das PDE5 inhibieren würde. Das folgende Molekül ist cGMP:
Um die Löslichkeit des Arzneimittels zu verbessern, wurden polare Substituenten hinzugefügt, die Verbindungen mit einer niedrigeren Lipophilie ergaben. Es wurde gefunden, dass dies auch die Enzymaffinität erhöht. Sidenafil ergab eine ausgezeichnete Kombination von Enzym-Hemmwirkung, Selektivität, Löslichkeit und In-vivo-Eigenschaften.
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Sildenafilcitrat (SC) (Viagra) und Sildenafil-Base in reiner Form werden einfach und eindeutig durch Mehrkern-NMR-Spektroskopie charakterisiert. Die Analyse chemischer Verschiebungen zeigt, dass (i) N6-H intramolekulare Wasserstoffbrücken bildet, (ii) N25 im Salz protoniert ist und (iii) intermolekulare OH N N-Wasserstoffbrücken im festen Sildenafilcitrat mit N2 und N4 vorliegen. Die 13 C-CPMAS-NMR-Methode wurde zur Identifizierung und Quantifizierung von Viagra in seinen pharmazeutischen Formulierungen vorgeschlagen.
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